Em Born to be Villain, os jogadores são capangas de Black Hat, um famoso vilão que domina a cidade. Cada um de seus capangas tenta se sobressair aos olhos do chefe, praticando os mais diversos crimes contra cidadãos inocentes, além de infernizar a vida dos heróis, que tentam pôr ordem na cidade. A cada dia, os capangas saem às suas procurando as melhores oportunidades para cometerem seus crimes, porém há aí um problema: muitas vezes, todos resolvem ir para a mesma parte da cidade e acabam se atrapalhando. É esse o dilema: tentar as melhores oportunidades ou procurar lugares menos disputados?

Por acaso, eles encontram um manual do curso de vilões e decidem que irão atrás de seus sonhos, desbravando a cidade para fazer suas maldades, atrás de inocentes e heróis para cumprir seus objetivos e impressionar o mestre. Torne-se o melhor capanga e a maior promessa de um grande vilão!