Era of the Ninja é um jogo de furtividade e combate em que os jogadores assumem o papel de ninjas tentando eliminar o senhor de um castelo no Japão feudal. Os jogadores podem esgueirar-se através do castelo ou lutar, mas deve ter cuidado, pois o inimigo está ativamente à procura deles. Enquanto os jogadores são bem sucedidos, eles ganham talentos, que podem ser usados para aumentar o seu arsenal de equipamentos ou adquirir novas competências para o uso na busca do senhor. Combater as unidades inimigas tem um mecanismo de ferida que permite aos jogadores enfraquecer o inimigo antes de desferir um golpe final e personagens também têm o uso do ki místico para ajudá-los a superar os obstáculos à frente deles. Os jogadores devem ter cuidado, porém, a força dos inimigos estão nos números. Os jogadores devem encontrar uma maneira de sobreviver o tempo suficiente para localizar e derrotar o senhor para reivindicar a vitória. No final, apenas um jogador pode ser declarado o vencedor - aquele que derrotar o senhor!

Era of the Ninja vem com vários níveis de jogo. Do básico para novos jogadores até o avançado, o que aumenta o desafio para os jogadores veteranos. Há também diferentes modos de jogo, o padrão, o modo cooperativo de verdade, Death Match, Team Death Match, e chefe do Senhor, permitindo aos jogadores a possibilidade de escolher o seu tipo e estilo favorito de jogo.