Em uma terra mística, distante daqui, dois prestigiosos torneios de artes marciais foram feitos desde os tempos antigos: o torneio da lótus branca, e o torneio da lótus negra. Estes dois torneios são as apresentações mais importantes da legendária arte marcial usada por poderosos atletas. Mestres extraordinários estão sempre procurando novos e talentosos atletas que serão forjados no ideal do guerreiro perfeito através de treinos exaustivos e experiências de vida que irão fortalecer corpo, mente e alma.

"Dojo Kun" significa "Regras do Dojo", e é um conjunto de princípios do desenvolvimento físico e espiritual do praticante de artes marciais. Dojo Kun é um jogo onde cada jogador dirigirá um dos quatros Dojos (tigre, garça, urso e cobra). O objetivo principal é treinar seus atletas e atrair novos, comprar novas máquinas de treinamento, expandir seu dojo, encontrar aventuras, e eventualmente liderar seus atletas a vitória de um torneio de artes marciais.

O jogo é dividido em duas temporadas, durante cada temporada há três turnos de preparação baseados na mecânica de alocação de trabalhadores onde irá administrar seu dojo e treinar seus atletas.

Durante a temporada, os atletas também poderão aprender técnicas especiais visitando um dos antigos mestres escondidos na área central do tabuleiro. Cada temporada termina com o torneio de artes marciais, onde cada dojo pode enviar até dois atletas. Em caso de espaços vazios no torneio, atletas do quinto dojo (dojo da caveira) adentrarão. (Estes atletas são administrados pelo jogo e podem até mesmo vencer o torneio!)

Os combates entre os atletas é simulado jogando um conjunto de dados customizados. Existem quatro tipos diferentes de dados, um para cada técnica de luta. Os jogadores jogarão dados de acordo com a experiência dos atletas (Dan): quanto maior o Dan, maior a chance de vencer a disputa! Depois da luta, os jogadores que não participaram ao torneio podem adivinhar o vencedor para ganharem prestígio.

O torneio termina com a grande final onde um novo campeão será coroado. Ao final da segunda temporada, o Dojo com mais pontos de prestígio vencerá a partida.