Die Siedler von Catan: Junior é, como você pode esperar, uma edição júnior de The Settlers of Catan, e enquanto o jogo permanece basicamente o mesmo - com jogadores coletando e trocando recursos para construir coisas, ganhar mais recursos e marcar pontos – a configuração é nova.

Em vez de colonos, porém, os jogadores agora são piratas, com armazéns piratas localizados em ilhas nas águas ao redor de Catan e navios navegando nessas águas. Armazéns piratas são equivalentes a assentamentos em Catan, e o jogador recebe recursos desses armazéns sempre que uma rolagem de dados corresponde ao número exibido naquela ilha. Esses recursos assumem a forma de cartas de equipamento, e os recursos são madeira, lã, rum, sabres e ouro. Com eles, os jogadores constroem navios e mais armazéns piratas ou compram cartas de desenvolvimento. Em vez de um ladrão, os jogadores agora devem tomar cuidado com um Ghost Pirate, que pode bloquear os recursos normalmente fornecidos por um armazém.

Cada jogador começa com dois armazéns piratas, e o primeiro jogador a construir sete armazéns vence. Para construir um novo armazém, no entanto, o jogador deve ir de navio de um armazém existente para um novo canteiro de obras, o que mantém os jogadores alternando entre a construção de navios e armazéns.

Além da mudança de tema, outras mudanças entre The Settlers of Catan e Catan: Junior incluem a eliminação de cidades (ou seja, armazéns não podem ser atualizados) e a regra de distância entre assentamentos, recursos alocados pelo lançamento de um dado em vez de um par de D6s e a introdução de um mercado que permite negociar com o banco. No início do jogo, uma carta de equipamento de cada tipo é colocada no mercado; na vez de um jogador, ele pode trocar uma carta na mão por uma carta no mercado. Em determinados momentos do jogo, o mercado é limpo e redefinido para apresentar uma carta de equipamento de cada tipo.