Em Countdown: Special Ops você assume o comando de um time de operações especiais com uma missão: encontrar bombas escondidas e desarmá-las, ajudar reféns, e derrubar líderes terroristas. Devido à alta variedade de objetivos, alvos, ameaças e circunstâncias específicas, os jogadores precisam escolher seus equipamentos e estratégias a cada missão ou campanha. Não basta apenas atirar granadas em locais públicos como aeroportos e estações, ou os civis podem se ferir, resultando em pontos negativos para a missão. Desenvolva sua habilidade principal mas não negligencie seu poder de ataque, de defesa e outras habilidades se quiser continuar vivo nesse jogo eletrizante.

Countdown: Special Ops é completamente modular, com os jogadores podendo criar seu próprio jogo ajustando quatro aspectos:
1. Situações: Com mais de 200 cartas, os desafios e ameaças são diferentes a cada partida;
2. Modo de jogo: Você pode jogar uma única missão, uma campanha ou um cenário. Cada modo de jogo tem seu próprio nível e duração;
3. Nível: Se você concluiu com sucesso uma missão no nível verde, talvez queira tentar o próximo nível (laranja) ou até um cenário com três missões em sequência, para aumentar a dificuldade;
4. Objetivos: Até os objetivos dos jogadores podem ser alterados. Countdown é um jogo cooperativo, mas se quiser uma variação nas regras, um ou dois traidores podem ser adicionados à equipe para jogar no modo Traidor.

Você pode desenvolver seu próprio agente treinando suas habilidades no modo cenário ou campanha. Isso trás um aspecto interessante ao jogo, onde você tem que escolher quanto risco está disposto a correr para ganhar experiência ou se deseja ir devagar e permanecer vivo a todo custo.