As regras do jogo Commands & Colors: Samurai Battles permitem aos jogadores retratar importantes batalhas da história japonesa. As batalhas, incluídas no encarte do cenário, enfocam o desdobramento histórico de forças e características importantes do terreno em escala com o sistema de jogo. A escala do jogo é flexível e varia de batalha para batalha. Para alguns cenários, uma unidade de infantaria pode representar um clã inteiro de soldados, enquanto em outros cenários uma unidade pode representar apenas alguns bravos guerreiros.