Em The Legend of Zelda Clue Collector's Edition, o Dark Lord Ganondorf roubou a Triforce e está ameaçando Hyrule com seus planos malignos de governar o mundo! Para cumprir a profecia e derrotar Ganondorf, você deve descobrir quem possui o poder de derrotar Ganondorf, que item é necessário para derrotá-lo, e onde estabeleceu seu covil escondido.

O jogo joga em grande parte de forma semelhante à versão regular da Clue, com a adição de duas novas mecânicas. Além disso, cada personagem possui um poder especial que você pode usar uma vez por jogo. Por exemplo, o poder da Impa permite que você comece dois Rumores (também conhecido como sugestões no Clue Original) em um mesmo turno.