Ark of Atlantis é um jogo de tabuleiro de colocação de trabalhadores. Durante cada turno, os jogadores trabalham duro para coletar recursos, salvar criaturas e encontrar artefatos enquanto tentam construir um navio grande o suficiente para salvar todos os seus trabalhadores antes que Atlantis afunde. Enquanto os jogadores correm contra o tempo, Atlantis continua a afundar em torno deles. Os jogadores devem equilibrar seu tempo entre a construção de um navio para se salvarem e arriscar tudo para salvar tudo o que a Atlântida possui. Os jogadores recebem pontos de bônus por arriscar e salvar itens preciosos de toda a ilha antes que eles também sejam perdidos para o mar.

O objetivo do jogo é adquirir mais pontos de vitória do que qualquer outro jogador. Os jogadores recebem pontos de vitória para construir seções de navios, coletar tokens de tesouro e vender recursos. Os jogadores perdem pontos de vitória para cada trabalhador que não conseguiram salvar no final do jogo.

Os jogadores se revezam colocando seus trabalhadores ao redor da ilha. No turno de um jogador, eles podem coletar recursos, construir seções de navios ou salvar criaturas valiosas, tesouros, poções e livros raros de toda a ilha para ganhar pontos de vitória adicionais. Cada vez que um jogador coloca um trabalhador ou um grupo de trabalhadores, ele deve mover seu marcador de tempo para cada trabalhador que ele colocou. Em Ark of Atlantis, a ordem dos turnos está constantemente mudando dependendo de onde o marcador de tempo da trilha de um jogador está posicionado na pista do tempo. Se o marcador de um jogador cair sobre um espaço de evento ou passar por ele, o jogador extrairá uma carta de evento e a resolverá virando uma ficha da ilha. Na segunda vez em que uma ficha da ilha seria lançada, ela é removida do jogo. O jogo termina quando todas as fichas da ilha forem removidas. Em seguida, os jogadores calculam seus pontos de vitória adicionando pontos de bônus ou pontos de dedução para cada trabalhador que não puderam salvar. O jogador com mais pontos ganha o jogo.