Bem-vindo à década de 1950 EUA - a era dos carros enormes, rock 'n' roll e atividade alienígena! Para impedir um pânico maciço, o presidente ordenou a seus generais para armazenar toda a evidência da existência de alienígenas.

Na área 51, uma base militar secreta no deserto de Nevada, os jogadores armazenam todas as armas futuristas, ferramentas inacreditáveis e cadáveres alienígenas em instalações de armazenamento. No entanto, esta base é capaz de ocultar apenas certos artefatos e deve ser melhorada o tempo todo. Os generais tentam superar um ao outro na construção e modernização das instalações e infraestrutura, além de encontrar a logística ideal para armazenar os artefatos para agradar o Presidente.

Em Área 51: Top Secret, os jogadores encontram várias categorias de artefatos - naves, armas, ferramentas, etc. - que são numerados 1-4 para mostrar quão perigosos eles são (e, portanto, que nível de segurança é necessário para armazená-los).

Os jogadores devem construir instalações de armazenamento para armazenar esses artefatos. As cartas de artefato precisam ser coletadas, mas o elemento decisivo no jogo é que uma vez que um jogador escolhe pegar uma pilha de cartas de artefato para colocá-las em instalações de armazenamento, eles precisam armazenar TODAS as cartas possíveis, incluindo aquelas que vão marcar pontos para outros jogadores. A principal estratégia do jogo é, portanto, usar as instalações de armazenamento existentes e veículos de transporte para otimizar a sua própria pontuação.