3D Labyrinth apresenta uma jogabilidade familiar do antigo jogo de tabuleiro Labyrinth. O tabuleiro do jogo possui um conjunto de peças solidamente fixadas nele; as peças restantes que compõem o labirinto deslizam para dentro e para fora das fileiras criadas pelas peças que estão travadas no lugar. Uma peça sempre permanece fora do labirinto, e os jogadores se revezam pegando essa peça extra e deslizando-a em uma linha do labirinto, movendo todas essas peças e empurrando uma para o outro lado do tabuleiro; esta peça recém removida torna-se a peça para o próximo jogador adicionar ao labirinto.
Os jogadores percorrem os caminhos inconstantes do labirinto em uma corrida para coletar vários tesouros. Quem coletar todos os seus tesouros primeiro e retornar ao seu espaço inicial vence!
O que há de novo no Labirinto 3D é que o tabuleiro do jogo tem um elemento 3D, com os jogadores precisando subir e descer níveis enquanto viajam pelo labirinto, mas um jogador não pode pular mais de um nível por vez, então às vezes você será bloqueado de um tesouro não por causa de uma parede, mas por estar na altura errada - ou talvez você esteja na altura errada. De qualquer forma, você precisa descobrir como manipular o labirinto para juntar vocês dois.
Observe que 3D Labyrinth não é o mesmo que Labyrinth, que não possui um elemento de altura na jogabilidade. 3D Labyrinth e é voltado para o público mais jovem, por ser mais desafiador e estratégico.