O Ancient Uprising foi derrotado, e uma paz frágil novamente se faz na galáxia... mas de repente, tudo muda. Várias novas facções sobem para perturbar o status quo. As unidades nanomáquinas fazem com que a energia e a matéria curvem à sua vontade. As naves Shaper rasgam o tecido do espaço-tempo, enquanto a insignificante facção Octantis dá um salto de desenvolvimento. Parece que as leis básicas do universo já não se aplicam.

Eclipse: Shadow of the Rift apresenta vários novos mecanismos para Eclipse, incluindo Distorção Temporal, Evolução e Anomalias, bem como várias novas Tecnologias Raras, Descobertas e Desenvolvimentos. Ele inclui duas novas placas para o jogador com três novas espécies exóticas diferentes para escolher. Devido ao seu design modular, você pode usar todas essas adições ou apenas algumas delas em qualquer jogo de Eclipse de acordo com as suas preferências e estilo. A expansão não requer a expansão Rise of the Ancients, mas é compatível com ela.