No futuro, a tecnologia da Internet avançou para inaugurar a Era da Rede. Todo mundo tem um dispositivo de interface de comunicação portátil chamado “PET” ou terminal pessoal que contém um programa de inteligência artificial, ou “NetNavi”, para navegar na rede mundial de informações. MegaMan, um NetNavi e seu operador humano, Lan, trabalham juntos com seus amigos para combater vírus empenhados em desencadear o caos na rede cibernética para dominar o mundo. O Navi mais maligno é o PharaohMan.

O objetivo do jogo é ser o primeiro jogador a completar sua missão e derrotar o Evil Pharaoman! Os jogadores viajam pela Battle Network em busca de Battlechips que tornarão seu NetNavis mais poderoso. Eles devem ter cuidado, pois vírus de computador perigosos podem atacar enquanto procuram peças de itens importantes que completarão suas cartas de missão, permitindo que eles encontrem e lutem contra o PharaohMan.